在已投運的石灰石-石膏脫硫系統中，GGH或多或少地遇到過結垢、腐蝕和堵塞等問題。結垢造成凈煙氣不能達到設計要求的排放溫度，并對下游設施造成腐蝕。表面結垢使GGH換熱效率降低，GGH換熱面結垢后，污垢的導熱系數比換熱元件表面的防腐鍍層小，熱阻增大。隨著結垢厚度的增加，傳熱熱阻增大，在原煙氣側高溫原煙氣熱量不能被GGH換熱元件有效吸收，換熱元件蓄存熱量達不到設計值。換熱元件回轉到凈煙氣側，GGH換熱元件本身沒有儲存到充足熱量，由于結垢而不能釋放出來被凈煙氣吸收，因此凈煙氣的溫升達不到設計要求，結垢越嚴重換熱效率就越差，造成吸收塔耗水量增加。對于600MW機組，進入吸收塔的煙氣溫度每升高10℃，大約增加水耗量10t/h。 結垢還會引起增壓風機（如果脫硫增壓風機與鍋爐引風機合并，則為引風機）能耗增加，GGH結垢后，煙氣通流面積減小，阻力增大。對于600MW機組，GGH阻力每增加100Pa，電耗大約增加100KW/h。

GGH結垢現象不可避免，因為引起結垢的因素是多方面的，有設計、設備、運行、等各個方面，如燃煤品種、吸收塔液位控制、除霧器效率、GGH的構造、GGH的定期吹掃效果等。為了提高GGH的換熱效率，電力企業除不斷改進脫硫系統設計外，還加強了GGH的定期停機清洗。